Oyun İkinci Çağda ve Skyrim geçtiği tarihten 1,000 yıl öncesinde geçiyor. Elder Scrolls evreninde Tamriel'da meydana gelen ve daha önce hiç bir oyunda ve hiç bir lore makalesinde detaylıca işlenmeyen Fetret Devrini (interregnum) ve karışıklıkları konu alıyor. Daha önce bu olayların detaylıca işlenmemesi Elder Scrolls Online'ın işini kolaylaştırıyor ve yeni olaylar ekleniyor.Cyrodiil'deki imparatorluk tahtı karmaşa içinde ve Tamriel'da iç savaş mevcut. İmparatorluk var fakat Tiber Septim henüz doğmadan öncesinde geçmekte.ESO'nun olaylarının hemen öncesinde Akavir istilası gerçekleşmiş durumda. Siyasi olarak etkisi devam ediyor özellikle Ebonheart bu istila sonucu kurulmuş bir ittifak. İstila ile Tamriel'ın doğu kısımlarında çıkan kargaşa yer yer devam ediyor.

Sefer hikâyesi, bir CIA subayı ve İngiliz SAS güçleri ile kurgusal Urzikistan ülkesinden isyancıların bir araya gelerek, ülkeyi işgal eden Rus güçlerine karşı birlikte mücadelesi etrafında dönüyor. Oyunun Özel Harekatlar modu seferin hikâyesini takip eden eşli oynanan (co-op) görevler içermekte.